Biosignal PI: надёжная, доступная открытая платформа для мониторинга ЭКГ и дыхания
Фархад Абтахи 1,*, Джонатан Снелль 1, Бенджамин Аслами 1, Ширин Абтахи 1, Фернандо Сеоане 1,2 и Кай Линдекранц 1,3
1Школа технологий и здравоохранения, Королевский технологический институт, Альфреда Нобеля алле 10, Стокгольм SE-141 52, Швеция; Email: [email protected] (J.S.); [email protected] (B.A.); [email protected] (S.A.); [email protected] (F.S.); [email protected] (K.L.)
2Академия заботы, благополучия и социальной работы, Университет Бёруса, Аллегатан 1, Бёрус SE-501 90, Швеция
3Департамент клинических наук, интервенций и технологий, Каролинский институт, Хёльсовеген 7, Стокгольм SE-141 57, Швеция
Академический редактор: Паникос Кириаку
*Автор для корреспонденции; Email: [email protected]; Тел.: +46-704-689-002.
Получена: 30 октября 2014 / Принята: 15 декабря 2014 / Опубликована: 23 декабря 2014
Аннотация
: Пилотные биомедицинские проекты, например телемедицина, домашний уход, животные и клинические испытания обычно требуют нескольких физиологических измерений. Техническая разработка таких проектов трудоёмка и, в частности, дорога. Универсальная, но доступная платформа для измерения биосигналов может сократить время и риски, сохранив фокус на главной цели и обеспечивая эффективное использование ресурсов. В этой работе предлагается доступная открытая платформа для разработки физиологических сигналов. В качестве первого шага разработана система мониторинга 8–12-выводного электрокардиограммы (ЭКГ) и дыхания. Для достижения электрической изоляции, требуемой стандартом IEC 60601 для безопасности пациента, использованы чипы на технологии iCoupler. Результаты показывают потенциал этой платформы как базы для прототипирования компактных, доступных и медицински безопасных измерительных систем. Дальнейшая работа включает как аппаратную, так и программную разработку модулей. Эти модули могут требовать разработку фронтендов для других биосигналов или просто беспроводной сбор данных с разных устройств, например артериального давления, веса, биоимпедансного спектра, глюкозы крови, например через Bluetooth. Все проектные документы, файлы и исходные коды будут доступны для некоммерческого использования через сайт проекта BiosignalPI.org.
Ключевые слова:
доступная ЭКГ; Raspberry PI; аналоговый фронтенд ADAS1000; открытый исходный код; мониторинг дыхания; грудной биоимпеданс; разработка медицинских устройств
1. Введение
Старение населения — увеличение доли пожилых людей в общей популяции — ставит перед современной системой здравоохранения вызовы: рост затрат, дефицит медицинского персонала и более сложные комбинации хронических заболеваний [1]. Кроме того, распространение западного образа жизни — низкая физическая активность в сочетании с высококалорийной диетой, богатой жирами и сахарами — ассоциируется с хроническими заболеваниями, такими как диабет и сердечно-сосудистые заболевания, в индустриальных странах [2,3]. Эта тенденция теперь заметна даже в развивающихся странах, поэтому спрос на здравоохранение ожидается расти в ближайшем будущем [4]. Улучшение здравоохранения и управление хроническими заболеваниями новыми методами — цель многих междисциплинарных исследований. Эти исследования включают до klinические животные и клинические человеческие испытания новых методов скрининга, диагностики, интервенций и лечения. Эти проекты обычно предполагают физиологические и биологические измерения: артериальное давление, глюкозу крови, вес, состав тела, мониторинг активности и электрическую активность сердца через ЭКГ.
Телемедицина и домашний уход — особый случай, использующий недавние достижения информационных технологий (ИТ). Иногда это считается потенциальным решением для повышения качества жизни пациентов за счёт расширения доступности медицинской помощи и даже оптимального распределения затрат на здравоохранение [4]. Однако эти идеи ни полностью доказаны, ни опровергнуты. Одна из причин — разнообразие измерений и ИТ-систем, необходимых для каждого отдельного проекта. Разные сенсоры и аналоговые фронтенды требуются для физиологического мониторинга каждой целевой группы пациентов, что требует специфических биомедицинских измерительных и ИТ-систем. Разработка таких разнородных систем делает техническую разработку исследований в домашнем уходе/телемедицине дорогой и, в частности, трудоёмкой. Следовательно, остаётся меньше времени и усилий для вовлечения медицинского персонала и целевых пациентов.
Гибкая платформа для быстрого прототипирования систем в таких сценариях может быть очень полезна в пилотных проектах и для доказательства концепции. Ещё одна польза таких гибких платформ — для образовательных целей в области биомедицинской инженерии, позволяя студентам познакомиться со всей цепочкой приобретения, обработки и представления биологических сигналов через практику на ранних этапах обучения. Лучшим примером такой образовательной платформы является Gamma Cardio (openECG) [5], этот открытый лицензированный проект вместе с учебником [6] может использоваться студентами для изучения процесса разработки медицинских устройств. Существуют и другие открытые проекты вроде OpenMind [7], OpenEEG [8] и OpenBCI [9], которые предоставляют огромные учебные ресурсы. Однако у всех этих проектов ограниченное число каналов и, в частности, они спроектированы для конкретных биосигналов вроде ЭЭГ с минимальной гибкостью для покрытия большего числа измерений. Кроме того, они не являются автономными устройствами и для функционирования требуют ПК, ноутбук или мобильный телефон для визуализации и анализа сигналов, что делает всё решение более дорогим.
Намерением этой работы является проектирование открытой, гибкой и доступной структуры для разработки безопасных устройств измерения биосигналов. Эта структура, которую мы называем Biosignal PI, может использоваться исследователями, студентами, инженерами или даже энтузиастами без глубоких знаний во встроенных системах, измерительной технологии или биомедицинской инструментальной базе. Эта структура модульна, электрически безопасна и соответствует многим медицинским стандартам. ЭКГ широко применяется для диагностики и мониторинга сердечных заболеваний, в мониторинге вегетативной нервной системы через вариабельность сердечного ритма (VSR) и для различных спортивных приложений. Поэтому модуль измерения ЭКГ и дыхания разработан как первый пример для разработки и оценки дизайна [10]. Этот прототип развивается дальше как проект Biosignal PI.
2. Ограничения
Гибкость — ключевая особенность платформы прототипирования измерения биосигналов. Она должна быть масштабируемой для разных требований в разных проектах, сохраняя высокую надёжность. У каждого биосигнала специфические требования: частота дискретизации, частотный диапазон, специфическое усиление и ограничения безопасности, определяемые соответствующими медицинскими стандартами.
3. Системный дизайн
3.1. Встраиваемая платформа
За последнее десятилетие развитие микроэлектроники дало более компактные, быстрые и доступные вычислительные платформы. Поскольку гибкость — главное ограничение для Biosignal PI, выбранная встраиваемая платформа должна обеспечивать возможность модульной разработки железа и софта. Модульная разработка железа возможна на микроконтроллерных системах, как в проектах Arduino [11]. Однако системы на базе операционных систем вроде Linux дают более высокую степень гибкости и поэтому более предпочтительны для такого развития по сравнению с прошивкой для микроконтроллеров. За последние пять лет представлено несколько компактных одноплатных компьютеров, ставших популярными, например Raspberry PI (RPI) и BeagleBone Black. RPI [12] — кредитного размера одноплатный компьютер с ARM-процессором — выбран для этого проекта, см. Рисунок 1. RPI разрабатывается Raspberry Foundation. Основные причины выбора RPI перед конкурентами — доступная цена и активное открытое сообщество с огромным количеством проектов, шилдов и туториалов.
Рисунок 1. Raspberry PI Model B (источник: сайт Raspberry PI). Нажмите для увеличения.
RPI существует в трёх моделях: A, B и недавнем B+. Все модели используют тот же CPU и GPU, разница в объёме RAM и портах. Изначально проектировался как доступный компактный компьютер для поддержки студентов в изучении информатики. Однако наличие порта общего назначения (GPIO) сделало его популярной платформой для разработки множества встроенных проектов. Модель B, использованная в этом проекте, предоставляет Ethernet-порт, два USB и один HDMI, аудио и видео выходы; имеет 700 МГц CPU, GPU, 512 МБ RAM и слот SD-карты. RPI поддерживает несколько Linux-дистрибутивов, например Raspbian — Debian-based дистрибутив, оптимизированный для железа Raspberry PI. Поскольку он работает на Linux, язык программирования никак не ограничен, но Python, C/C++ и Java среди самых популярных в сообществе RPI. Недавно RPI также поддерживается Simulink, что открывает новые способы обучения встроенному программированию без кодинга [13]. Легко поднять лёгкий веб-сервер, например Lighttpd или Apache, сервер базы данных, например SQLite, MySQL для специфических приложений.
3.2. Аналоговый фронтенд ЭКГ и грудного биоимпеданса
Как упоминалось ранее, система мониторинга ЭКГ и дыхания выбрана как первый пример в разработке Biosignal PI. Дыхание можно регистрировать через измерение биоимпеданса, то есть инъекцию малого тока через грудную клетку и измерение соответствующего падения напряжения. Во вдохе грудная клетка расширяется, и когда воздух наполняет лёгкие, биоимпеданс увеличивается, так как проводимая поверхность для тока увеличивается. На выдохе биоимпеданс снова уменьшается [14]. Приобретение ЭКГ и грудного биоимпеданса можно осуществить через несколько подходов: от использования только дискретных электронных компонентов до полностью интегрированных аналоговых фронтендов. Интегрированные фронтенды не только уменьшают размер и потребление, но и предоставляют широкий спектр дополнительных функций: обнаружение отсоединения электродов и соответствие медицинским стандартам AAMI EC11, AAMI EC38, IEC 60601-1, IEC 60601-2-25, IEC 60601-2-27 и IEC 60601-2-51. Основными конкурентами для ЭКГ-фронтендов являются серии ADAS1000-X от Analog Devices [15] и ADS129X от Texas Instruments [16]. У обеих серий почти сравнимые спецификации. ADS1298 может дать 8 каналов ЭКГ в одной чипе, что хорошо для более компактного и немного дешевле 12-выводного ЭКГ устройства по сравнению с ADAS1000, имеющим максимум 5 каналов. Тем не менее ADAS1000 (ADAS) выбран в этой работе, главным образом потому что ADS1298R доступен только в корпусе NFBGA. Для прототипирования ручная пайка может быть критичной, и LQFP-корпус ADAS намного проще для работы чем NFBGA.
ADAS может обеспечить частоту дискретизации до 128 кГц и подходит для портативных батарейных устройств, прикроватного мониторинга пациентов, портативной телеметрии и систем домашнего мониторинга. Чипы ADAS можно использовать в гейнг-режиме для предоставления большего числа ЭКГ-каналов [15]. В этой работе используется один/два ADAS1000BSTZ — пятиканальная версия со всеми функциями — как мастер и опциональный слейв для предоставления 8-12 выводов ЭКГ в версиях A и B соответственно. Альтернативно, можно использовать более доступную версию ADAS1000-2BSTZ как слейв-чип. Чип в корпусе LQFP 64 пина, см. Рисунок 2. Стоит отметить, что ручная пайка LQFP64 относительно сложна и требует опыта и высокого уровня навыков пайки.
Типичная 12-выводная ЭКГ использует девять электродов и правый-ножный драйв (RLD). Три электрода подключены к конечностям: правая рука (RA), левая рука (LA) и левая нога (LL), а остальные шесть электродов, называемые V1-V6, размещены в хорошо определённых местах на груди. Таблица 1 резюмирует состав типичной 12-выводной ЭКГ системы. Расчёт выводов aVR, aVL и aVF не выполняется ADAS, их придётся вычислять в последующей обработке. Каналы V1 и V2 можно сконфигурировать как ЭКГ-входы или как вспомогательные входы для других измерений.
ADAS обеспечивает обнаружение отсоединения электродов путём инъекции постоянного или переменного тока для мониторинга изменений напряжения и обнаружения, если электрод больше не контактирует с пациентом. Обнаружение имеет задержку ниже 10 мс для AC-режима, в DC-режиме задержка зависит от запрограммированного тока и ёмкости кабеля.
3.3. Связь между RPI и ADAS
Коммуникация между аналоговыми фронтендами, другими интегральными схемами и RPI может осуществляться через разные порты: последовательный периферийный интерфейс (SPI), межвстроенный интерфейс (I2C) и универсальный асинхронный приёмник-передатчик (UART). ADAS использует SPI, требующий четыре линии для связи между одним мастером и несколькими слейвами: тактовый сигнал (SCLK) для синхронизации, сигнал выбора слейва (SSn) и две линии данных: master-out-slave-in (MOSI) и master-in-slave-out (MISO). Коммуникация контролируется мастером, который выбирает слейва, активирует такт и генерирует информацию на MOSI, пока сэмплирует MISO [18]. В этом прототипе RPI выступает мастером, общаясь с одним/двумя ADAS как слейвами.
3.4. Защита от дефибриллятора и ESD
В приложениях с риском дефибрилляции, например в реанимации или неотложной помощи, требуется защита от перенапряжения. В других областях применения это всё равно рекомендуется, так как может защитить устройство от других типов электростатического разряда (ESD). Слой ESD-защиты спроектирован согласно рекомендациям в даташите ADAS [15]. Схема защиты основана на SP720, обеспечивающем защиту до 8 кВ против ESD и других переходных перенапряжений [19].
3.5. Слой электрической безопасности (изоляция)
Электрическая безопасность — среди самых важных требований в проектировании медицинских устройств. Стандарты Международной электротехнической комиссии (IEC) охватывают два типа изоляции для защиты пользователя: IEC 60601 и IEC 60950. Чтобы предотвратить удар током, сердечные аритмии, ожоги или даже повреждение внутренних органов [20], пользователь (пациент/оператор) должен быть изолирован от высоковольтных частей системы, и утечки тока должны быть минимальны.
Изоляция может быть реализована на разных уровнях. Для приложений без подключения, прямого или косвенного, к напряжению сети, например батарейных устройств типа Holter, проблема решается автоматически. Однако, поскольку может возникнуть необходимость подключения RPI к периферии — принтер, монитор, LAN — в дизайн включена надёжная изоляция. Изоляция достигается изоляцией как линий данных (SPI), так и линий питания DC между ADAS и RPI, как показано на Рисунке 3.
3.6. Разработка программного обеспечения
Как обсуждалось ранее, RPI даёт обширную свободу выбора ОС и языка программирования. В этой работе выбраны Raspbian Linux и C++ для реализации софта, инициализирующего ADAS, забирающего сигналы, визуализирующего и записывающего их в нужном формате. Для графического интерфейса (GUI) использован Qt — кроссплатформенный фреймворк на стандартном C++. Qt также облегчает многопоточность. Qt — очень популярный фреймворк с отличной документацией и полезными примерами [24]. Поскольку компиляция приложения на RPI может замедлить разработку, используется кросс-компиляция на ПК с Ubuntu OS [18] для получения исполняемого кода для платформы RPI. Для достижения требуемых частот дискретизации выше 2 кГц при одновременном построении графиков, дискретизация выполняется в независимом потоке от GUI. Коммуникация между этими потоками осуществляется методом Qt под названием signal & slot. Этот механизм использует очередь соединений, что означает, что сигнал помещается в цикл событий GUI-потока, и GUI может завершить текущую задачу перед вызовом слота [25].
Разработка софта для медицинских устройств регулируется несколькими стандартами, такими как ISO 13485, EN ISO 14971 и IEC 62304. Эти стандарты охватывают системы управления качеством, управление рисками и процессы жизненного цикла софта медицинских устройств соответственно [26]. Поскольку разработка софта этого проекта не соответствует ни одному из этих стандартов, его следует считать софтом неизвестной родословной (SOUP). Любое клиническое применение должно делаться после обеспечения безопасной и надёжной работы устройства. Вся ответственность за это лежит на пользователе, авторы статьи не несут ответственности за использование этого материала.
3.7. Архитектура Biosignal PI
Рисунок 3 показывает предложенную системную архитектуру Biosignal PI. Система включает RPI как вычислительный модуль, слой изоляции цифровых и DC-линий питания, защиту от электростатического разряда (ESD) для телесных электродов, подключённых к аналоговым фронтендам биосигналов. Разные модули мониторинга биосигналов и жизненно важных показателей могут быть добавлены через соответствующие фронтенды или как беспроводные мониторы через Bluetooth, WiFi или ZigBee. RPI может подключаться к разным периферийным устройствам: монитор, принтер, клавиатура и даже доступные шилды для RPI в зависимости от требований каждого проекта. RPI и потенциальные периферийные устройства не спроектированы как медицинские устройства, поэтому слой изоляции используется для отделения breakout-платы от RPI. Даже если характеристики изоляции и ESD-защиты выбраны для соответствия требованиям безопасности пациента, никаких шагов к формальной сертификации не предпринималось. Любой, кто хочет базировать MDD или FDA-сертифицированное устройство на Biosignal PI, должен сам убедиться, что все требования выполнены.
В первой реализации этой архитектуры была спроектирована breakout-плата для ЭКГ и дыхания на чипе ADAS1000. Схема и двуслойная печатная плата (PCB) спроектированы в бесплатной версии CadSoft Eagle V6.5 [27]. Рисунок 4 показывает схему 5–8 выводной системы со всеми необходимыми компонентами для работы ADAS, ESD-защиты и изоляции платы от RPI.
Больше деталей: Biosignal PI, доступная открытая система измерения ЭКГ и дыхания
Производственный процесс
- Измерение частоты и фазы в системах питания переменного тока
- Точное измерение и логирование термопар для лабораторных и научных экспериментов
- Raspberry Pi: логирование фоторезистора и система оповещений — низкопотребительный световой датчик на Python
- Дешёвый автономный инспекционный робот: проектирование, разработка и полевые испытания
- Встроенные системы и системная интеграция: современная архитектура и связность
- Принцип работы механической и автоматической коробки передач
- Виды коробок передач: МКПП, АКПП, робот и вариатор — сравнение
- Мокрый и сухой картер: подробное сравнение систем смазки
- Трение и рекуперативное торможение: как современные автомобили возвращают энергию
- Проверка системы охлаждения давлением: полное руководство